อธิการบดี มหาวิทยาลัย ฟาฏอนี ยืนยัน ได้มาตรฐานสถาบันอุดมศึกษา คุณภาพเกือบดีมาก
หลังจากมีกระแสข่าวในที่ประชุมคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) ครั้งที่ 5/2557 เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2557 ให้มีมติว่า กกอ. จะลงไปตรวจสอบสถาบันระดับอุมศึกษาที่ได้รับเรื่องร้องเรียนเรื่องของคุณภาพมาตราฐานซึ่งมีจำนวน 35 แห่ง และมี 15 แห่ง ที่เป็นประเภทสถาบันที่เปลี่ยนมาเป็นมหาวิทยาลัยไม่เกิน 10 ปี สร้างความสับสนว่าสถาบันอุดมศึกษาทั้ง 15 แห่ง ที่ กกอ. จะไปตรวจเป็นสถาบันที่ไม่ได้คุณภาพมาตราฐาน
ต้นเดือนมิถุนายน 2557 มหาวิทยาลัยฟาฏอนี หนึ่งใน 15 มหาวิทยาลัยดังกล่าว จึงได้ทำหนังสือชี้แจงและขอความเป็นธรรมกับสื่อมวลชนว่า มหาวิทยาลัย ไม่ได้เป็น 1 ใน 15 มหาวิทยาลัยที่ได้รับร้องเรียนเรื่องคุณภาพมาตรฐาน แต่เป็นเพียงมหาวิทยาลัยที่เปลี่ยนจากวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัย ไม่เกิน 10 ปี จึงเข้าข่ายที่ กกอ. ลงไปตรวจสอบเป็นกลุ่มแรก
ผศ. ดร.อิสมาอีลลุตฟี จะปะกียา อธิการบดีมหาวิทยาลัยฟาฏอนี (จังหวัดปัตตานีและยะลา) กล่าวกับมติชนว่า รู้สึกไม่ได้รับความเป็นธรรม เพราะมหาวิทยาลัยฟาฏอนี ไม่ได้ถูกร้องเรียนแต่อย่างใด เพียงแต่ไปเข้ากลุ่มที่เพิ่งเปลี่ยนเป็นมหาวิทยาลัยไม่ถึง 10 ปีเท่านั้น ซึ่งมหาวิทยาลัย ฟาฏอนี เปลี่ยนจากวิทยาลัยเป็นมหาวิทยาลัยมาตั้งแต่ปี พ.ศ. 2550 หรือกว่า 7 ปีมาแล้ว และยืนยันว่าได้รับการประเมินคุณภาพการศึกษาภายในได้ระดับ "เกือบดีมาก" ซึ่งปีหน้าจะเร่งพัฒนาให้ได้ระดับดีมาก
นายอิสมาอีลลุตฟี ยังกล่าวขอความเห็นใจกับสื่อมวลชนที่เผยแพร่ข่าวที่อาจสร้างความเข้าใจผิดว่า มหาวิทยาลัยทั้งของตัวเองและอีกหลายแห่งไม่ได้มาตร ฐาน กกอ. จึงต้องไปตรวจสอบซึ่งไม่เป็นความจริง มหาวิทยาลัยฟาฏอนีมีนักศึกษากว่า 4,000 คน ยังได้รับความเชื่อมั่นและกำลังใจดีจากนักศึกษาและครูอาจารย์ ทั้งในไทยและระดับนานาชาติ ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยแห่งแรกของภาคใต้ที่จัดการเรียนการสอนถึง 4 ภาษาและจะพัฒนาให้ได้มาตราฐานทั้งในไทยและต่างประเทศต่อไป