อธิการบดี มหาวิทยาลัย ฟาฏอนี ยืนยัน ได้มาตรฐานสถาบันอุดมศึกษา คุณภาพเกือบดีมาก
หลังจากมีกระแสข่าวในที่ประชุมคณะกรรมการการอุดมศึกษา (กกอ.) ครั้งที่ 5/2557 เมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2557 ให้มีมติว่า กกอ. จะลงไปตรวจสอบสถาบันระดับอุมศึกษาที่ได้รับเรื่องร้องเรียนเรื่องของคุณภาพมาตราฐาน